Conan et ses amis effectuent une croisière sur l'Aphrodite, un bateau de luxe. Mais Sonoko est agressée, et la situation change soudainement ! D'autre part, sur terre, le designer du bateau est assassiné. Sur le bateau, Conan et Kogoro mènent l'enquête en se basant sur le témoignage de Sonoko. Survient alors un meurtre !! Tous les événements arrivés sur terre et sur mer sont liés : telle est la conclusion de Conan. Il suspecte un dénommé Kusaka, rencontré la veille. Cependant, celui-ci a un alibi : il parlait au téléphone au moment du meurtre...